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明军的人数虽然较少，但身处万里之外的异国他乡，又都是经历了明末以来连年战事的百战老兵，兵卒精炼，战意如虹，一时间横扫北印度。
孙可望更派遣窦名望率军进入阿富汗地区，在当地招募了大批英勇善战的骑兵，编为三千营补充明军的骑兵弱点。
孙可望是基督徒，呆迷儿帝国名义上的领袖太平国皇帝朱由榔和幼王也都是基督徒。而在北印度，大量锡克教徒、缠回、印度教徒混居，民族隔阂，宗教压迫，无处不在。
这一切都让孙可望忧心忡忡，深感竺固然富裕，但要治理妥当的难度，远比下缅甸要高。
何况明军在缅甸时，焚毁佛寺、攻灭部族，根本就没打算在当地久居下去。
现在到了印度，孙可望已有长期盘踞，作为明朝中兴之基的考虑，因此也就绝不可能再继续实行缅甸行营时期的拷掠政策。
为此，孙可望挟战胜之威，采取高度集权、开明的君主专制统治，实行了行政、经济、司法、军事、宗教等一系列改革。
孙可望泛吸纳印度教徒加入统治阶层，掌管军政事务，来化解宗教之间的矛盾，并且借助他们的力量，压制反抗明军的莫卧儿帝国回回王公的势力。
他建立了一套司法制度，在各省各县设立法庭，甚至在每个村庄也尽量安排人处理地方司法事件。回回教法的权威，或者印度地方宗族习惯法的力量都被极大削弱，代之以较为公正的律法。由于加强了对地方的控制，盗匪也变得稀少。
呆迷儿帝国继续延续了行营时期对贪官污吏剥皮实草的办法，孙可望下令严惩贪污，绝不许地方中饱私囊。因为有成效的反贪，他得以减少对人民的剥削，经过丈量的田地既可以用货币也可以用实物纳赋，田赋被规定决不能超过收成的四分之一。
为了巩固对新占领的各地统治权，也是为了将庞大的帝国紧密联系起来，孙可望发展交通、运输和驿站，像朱元璋一样广修道路，恢复明初那样的制度，令驿传遍布疆土。各条大道道路两边广植树木给行人带来阴凉，还有许多驿站和旅店供过路者休息。
孙可望虽然是基督徒，但他对待印度人数最多的印度教教徒时，却比过去的回回统治者更加宽容。
这种宽厚博大的统治，在充满隔阂与割裂的古印度是前所未有的。孙可望在他统治的短短几年里，就令北印度政通人和，百废俱兴。
呆迷儿帝国彻底废除了莫卧儿帝国时期的包税人制度，重用大批印度教教徒担任税吏，又尽可能地将回回王公的采邑领地全部收归国有，改付他们以丰厚的俸禄。
鉴于西营在川滇地区实行营庄制的历史经验，孙可望又在北印度进行了影响极为深远的土地制度改革。
他任命王尚礼总理八省营田事务大臣，确定统一的度量衡制，然后开始对全国土地进行丈量，按照肥沃程度将土地分为四等，并规定每一等级土地的税收标准。税收总额有所减少，但由于开支也相应减少，政府净收入能保持不变。这些措施，不同程度地减轻了农民的负担，促进了经济的发展。
接着孙可望又下令迁都，将首都从回回王公势力强大的莫卧儿帝国旧都阿格拉，迁至谅里附近新营建起来的新城复府。
在莫卧儿帝国的残骸上，孙可望彻底改革行政规划，效仿明朝的行省制度，建立起了两京八省的新版图：
以德里附近营建的新都为北京复府，以莫卧儿帝国的故都阿格拉为南京兴府；
然后设置了拉合尔（上五河省）、木尔坦（下五河省）、德里（竺省）、阿格拉（西河间省）、阿瓦德（河北省）、阿拉哈巴德（东河间省）、比哈尔（山南省）、孟加拉（江洲省）共八个行省。
不久窦名望在阿富汗招抚部落骑兵成功以后，孙可望又派兵占领喀布尔，设立了阿富汗（山北）宣慰司。
孙可望本人则在镇压拉杰普特饶战争中，在攻打拉杰普特饶卡林雅尔堡垒时，虽然取得了胜利，自己却因为火炮炸膛而不治身亡。
这也打断了孙可望篡位的进程，在讨伐拉杰普特饶时候，孙可望其实已经开始着手废除明朝皇帝和幼王的地位了。
但是他的意外去世，使得篡位之成为泡影，继承孙可望东王位置的第二代东王孙征淇，听从了金堡的建议，决定按照印度本地的传统，改称东王沙。
东王沙在德里（复府）举办了一次着名的宗教讨论会，博学的回教学者、婆罗门教徒、印度教唯物主义者、基督教徒、耆那教徒、佛教徒、犹太教徒和拜火教徒，在这次盛会中轮流发言。
孙征淇鼓励他们畅所欲言，广泛地听取意见。最后他决定按照回教和基督教的传统，奉明帝和幼王为名义上的宗教领袖，由自己以东王沙的名义执掌呆迷儿帝国的一切军政实权。
稳定内部，建立起了巩固的东王沙体制以后，孙征淇就派冯双礼南下重新打败了拉杰普特人，为孙可望报仇，并在拉杰普特地区设立了拉杰普特（漠南）宣慰司，对当地桀骜不驯的王公采取了羁縻政策。
如此，经过孙可望、孙征淇父子两代的努力，明朝终于在北印度实现了真正意义上的中兴，并且很快就依靠着宗教宽容的政策以及先进的军事行政组织和技术，在印度全境展开了迅猛的扩张，并在第三代东王沙时，基本统一印度全境。
欧洲人在16世纪中叶发现了印度洋的南部航线。相比前辈航海家的线路，现在欧洲商船可以不用停泊东非和印度海岸，过好望角直接乘西风漂流，沿澳大利亚外海就可以到达爪哇和香料群岛。
到了17世纪中叶，印度洋上形成了这样的图景：南方大洋里的“干线”航线在几乎属于欧洲饶盖伦船，沿海的贸易则仍然由印度洋沿岸的国家的商船进校
地中海的贸易在16世纪曾经几起几落，但是历史的进程还是难以阻挡的。1580-1600间，地中海贸易最终衰落。
陆上商路，由于目的地完全不同，倒是还没有受到直接冲击。呆迷儿帝国很快就复兴了阿富汗商路，让喀布尔这座城市继续保留着商业中枢的地位。